Overeenkomstig de wettelijke voorschriften is er een medezeggenschapsraad, die bij tal van zaken door het bestuur kan en moet worden betrokken. Anders dan in bestuur en oudercommissie spreken in de medezeggenschapsraad ouders, leerlingen, docenten en onderwijsondersteunende medewerkers met elkaar over de algemene gang van zaken in de school.
De MR krijgt regelmatig verzoeken van de schoolleiding en van het bestuur om in te stemmen of mee te denken met beleidsvoornemens van diverse aard. De MR heeft een adviesbevoegdheid en een instemmingbevoegdheid. De MR geeft advies over organisatorische vraagstukken, bijvoorbeeld over financiën, het lesrooster of over aanstelling en ontslag. De instemmingsbevoegdheid van de MR geldt bij onderwerpen als de onderwijskundige doelstellingen van de school, het schoolplan, de veiligheid en eventuele fusieplannen.
De voltallige MR bestaat uit twaalf personen, waaronder drie ouders. Deze drie leden van de OMR staan altijd open voor vragen en opmerkingen van ouders. Elke ouder/verzorger die een kind op Het Baarnsch Lyceum heeft, is verkiesbaar. Vacatures binnen de OMR worden gemeld via het LyceumNieuws. Bij grote belangstelling voor de OMR worden er verkiezingen georganiseerd.
De leden van de medezeggenschapsraad voor het schooljaar 2012 - 2013 zijn:
Mw. C. van den Burg - v.d. Grinten - voorzitter oudergeleding (ouder)
C.J.A. van Bueren (docent)
A. Janse - voorzitter (docent)
A.D. Lautenbach (docent)
Mw. drs. B..M. Lonergan – van den Eshof (docent)
Mw. A. Miller (ouder)
Willemijn Priester (leerling)
Mw. M.K. de Regt (ouder)
Mw. M. Riemens (roostermaker)
Veerle Schaap (leerling)
H.J.J. Veenstra (docent)
Sydney Weith (leerling)